
به گزارش خبرنگار تاریخ،شهید مصطفی خمینی در 21 آذر 1309 هu200d ش برابر با 21 رجب 1349 هu200d ق در محله الوندیه شهرستان قم در منزل اجارهای متولد شد. به مناسبت نام پدر بزرگ پدریاش «شهید سیدمصطفی موسوی» او را نیز مصطفی نامیدند. آقا مصطفی پس از تلاش فراوان در 27 سالگی به درجه اجتهاد نائل آمد، اجازه اجتهاد او از طرف امام خمینی (ره) بود.
حاج آقا مصطفی در سال 1335 شمسی با خانم معصومه حائری دختر آیةالله حاج شیخ مرتضی حائری یزدی ازدواج نمود.
اولین فرزند آنها محبوبه بود که به جهت ابتلا به بیماری مننژیت درگذشت. دومین فرزند حسین، نام داشت که هماکنون در کسوت روحانیت است. سومین فرزند آنها مریم است که تا دوره دکترا تحصیل کرده است. یورش ناگهانی مأموران ساواک در روز 13 دی 1343 به منزل امام برای دستگیری حاج آقا مصطفی سبب ترس و وحشت همسر او شد که با سقط جنین و از بین رفتن فرزند چهارم ایشان همراه بود.آیتالله سیدمصطفی خمینی، پس از دورانی پر از رنج، تلاش و مبارزه در سحرگاه یکشنبه اول آبان ماه 1356 (برابر با نهم ذیقعده 1397 هu200d ق) در سن 47 سالگی در نجف بهطور ناگهانی و مرموز در خانه خود درگذشت